В конце концов Республика начала делать попытки как-то ограничить влияние Федерации, и первой такой попыткой было решение об установлении новой системы налогообложения торговых путей. В ответ на это Торговая федерация блокировала своим флотом планету Набу. Часть Директората федерации вошла в Оккупационный совет, который управлял боевыми дроидами из столицы Набу Тида. Эти действия Федерации вызвали очередной скандал в Сенате, и послужили косвенной причиной отставки Канцлера Валорума, которому на внеочередном заседании Сената, посвященного проблеме Набу, королева Амидала выдвинула вотум недоверия.
Блокада Набу закончилась неудачей для Федерации, но она не утратила своего влияния, несмотря на многочисленные судебные разбирательства. Нут Ганрей по-прежнему оставался её вице-королем, благополучно преодолев четыре судебных процесса.
Когда граф Дуку начал создание Конфедерации независимых систем, Торговая федерация охотно согласилась вступить в неё. Ганрей потребовал от Дуку всего одну вещь — голову Падме Наберрие. Формально Ганрей дал согласие на присоединение к Конфедерации незадолго до битвы за Джонозис.
Во время Войн клонов Торговая федерация была основным источником финансирования для Конфедерации. Также её армия стала основой для армии дроидов, отданной под командование генералу Гривусу.
К концу Войн клонов некоторые из основных миров Федерации были захвачены силами Республики. Во время битвы за Като Неймодию вице-королю Нуту Ганрею с трудом удалось бежать от сил Оби-Вана Кеноби и Энакина Скайуокера.
После смерти Нута Ганрея на Мустафаре в 19 году ДБЯ, вице-королем Торговой Федерации стал Сентепет Финдос, который вскоре после своего избрания был арестован войсками Империи. Его заставили подписать соглашение, согласно которому все ресурсы Торговой федерации поступали в распоряжение Императора. Формально это было концом Торговой федерации, но полностью федерация была поглощена имперскими компаниями лишь спустя несколько лет.
